Медикаментозная терапия ГЭРБ направлена, в основном, на нормализацию кислотности и улучшение моторики. Для лечения ГЭРБ применяются антисекреторные средства (ингибиторы протонного насоса, блокаторы H2-гистаминовых рецепторов), прокинетики и антациды.

Ингибиторы протонного насоса (ИПН) более эффективны, чем блокаторы H2-гистаминовых рецепторов и имеют меньше побочного эффекта. Рекомендуется принимать ИПН рабепразол в дозе 20-40 мг/сутки, омепразол в дозе 20-60 мг/сутки или эзомепразол в дозе 20-40 мг/сутки в течение 6-8 недель. При лечении эрозивных форм ГЭРБ ИПН принимаются длительное время, несколько месяцев или даже годы. В этой ситуации становится важным вопрос безопасности ИПН. В настоящее время имеются предположения об увеличении ломкости костей, кишечных инфекций, внебольничной пневмонии, остеопороза. При длительном лечении ГЭРБ ингибиторами протонного насоса, особенно у пожилых пациентов, часто приходится учитывать взаимодействие с другими лекарствами. При необходимости приёма одновременно с ИПН других лекарственных средств для лечения или профилактики иных заболеваний, предпочтение отдаётся пантопразолу, как наиболее безопасному в отношении взаимодействия с другими лекарствами.

При лечении ГЭРБ применяют невсасывающиеся антациды — фосфалюгель, маалокс, мегалак, алмагель и другие, а также альгинаты топалкан, гевискон и другие. Наиболее эффективны невсасывающиеся антациды, в частности, маалокс. Его принимают по 15-20 мл 4 раза в день через час-полтора после еды в течение 4-8 недель. При редкой изжоге антациды применяются по мере её возникновения.

Для нормализации моторики принимают прокинетики - специальные лекарственные препараты, которые усиливают перистальтику желудочно-кишечного тракта. Некоторые представители прокинетиков: Домперидон и Метоклопрамид.

Могут быть назначены витаминные препараты: пантотеновая кислота (витамин B5) и метилметионинсульфония хлорид (иногда условно называемый витамин U). Пантотеновая кислота восстанавливает слизистые оболочки и стимулирует перистальтику кишечника, что способствует более быстрому выведению пищи из желудка. Таким образом обеспечивается "запирание" сфинктера, расположенного между желудком и пищеводом. Метилметионинсульфония хлорид способствует сокращению желудочной секреции и обеспечивает обезболивающий эффект.